Здравствуйте. Мой сын родился в Испании и является гражданином Испании. Также ему было оформлено гражданство Российской Федерации. Я приобрела недвижимость в России и зарегистрировала (прописала) там себя и сына. Сейчас ему исполнилось 18 лет, и военкомат

Здравствуйте, Наталья.
Поскольку Ваш сын является гражданином РФ и зарегистрирован по месту жительства в России, он официально считается проживающим в РФ, а значит, подлежит воинскому учету. Независимо от того, живёт ли он в действительности в России или нет, регистрация - это ключевой юридический критерий для постановки на учет и возможного призыва. 
Военкомат действует в рамках закона, отправляя повестки по адресу регистрации, при неявке без уважительной причины — может передать дело в полицию для розыска (в пределах России); в случае уклонения может инициировать административную или даже уголовную ответственность (по ст. 328 УК РФ — уклонение от призыва).
Однако, если Ваш сын фактически не проживает в РФ, то это можно и нужно документально подтвердить, так как он имеет право не состоять на воинском учете в связи с постоянным проживанием за границей.
Федеральный закон от 28.03.1998 N 53-ФЗ (ред. от 02.10.2024) "О воинской обязанности и военной службе" обязывает граждан сообщать в письменной или электронной форме через Портал Госуслуги в военный комиссариат о выезде из РФ на срок более шести месяцев или въезде в РФ, либо явиться в военный комиссариат в двухнедельный срок со дня наступления указанных событий. За несоблюдение данного требования предусмотрен штраф. Подать заявление в военный комиссариат также можно через доверенное лицо.