Добрый день. Я зарегистрировал "autónomo" в первом квартале 2025 года, но живу в Испании с марта 2024 года. Работаю на 1 компанию с Кипра. Доходы получал на счёт в испанском банке, хочу подать "Modelo 100" за 2024 год, будут ли у меня какие-то сложности и

Здравствуйте, Антон.
Поскольку Вы зарегистрировали "autónomo" только в первом квартале 2025 года, но работали и получали доход в Испании с марта 2024 года, то у Налоговой службы Испании могут возникнуть к Вам вопросы. 
Если Вы проживали в Испании с марта 2024 года, это означает, что к концу года Вы стали налоговым резидентом Испании. Это обязывает Вас декларировать Ваш мировой доход в Испании за 2024 год.
Поскольку в 2024 году Вы еще не были "autónomo", доход, полученный от кипрской компании, должен был декларироваться как "rendimientos del trabajo" (если был рабочий контракт) или "rendimientos de actividades económicas" (если Вы работали как фрилансер, но без регистрации). Если у Вас не было контракта, а Вы просто оказывали услуги как фрилансер, это может вызвать вопросы у Налоговой службы (Hacienda), так как официальная регистрация предпринимательской деятельности (alta en RETA) произошла только в 2025 году. 
Если "Hacienda" сочтет, что Ваш доход в 2024 году относился к предпринимательской деятельности, Налоговая служба может потребовать выплаты взносов в Службу социального страхования за 2024 год с момента начала деятельности, назначить штрафы за ведение незарегистрированной деятельности, штрафы и пени за несвоевременную подачу деклараций.
Учитывая сложность Вашей ситуации, рекомендуем Вам предварительно проконсультироваться с хестором, перед подачей декларации, чтобы избежать риска начисления штрафов, если это возможно в Вашем случае.