Здравствуйте, Дмитрий!
При подаче документов в Консульство Испании в РФ и в день получения визы Д все заявители должны находиться на территории РФ. В промежуток рассмотрения документов при наличии действующей Шенгенской визы, вы имеете право покинуть РФ и находится в Испании. Загранпаспорт на время рассмотрения вида на жительство не изымается.