Здравствуйте. Племянница отучилась весь прошлый год на языковых и подготовительных курсах, и весной сдала экзамены "selectividad". Посчитала, что сдала плохо, и сразу заключила годовой договор на новые курсы. По этому договору подала электронное заявление

Здравствуйте, Надежда.
Так как Ваша племянница еще не поступила в университет, то, вероятнее всего, отказываться от продления и курсов несколько преждевременно. 
Более того, Вам нужно иметь в виду, что Миграционная служба может отказать в продлении при смене направления обучения и учебного заведения.
Как только будут получены необходимые документы от университета для продления студенческого разрешения или "estancia", если на курсах племенница обучаться уже не планирует, то их нужно будет подать в Миграционную службу вместе с объяснительным письмом. Если же к моменту получения документов от университета уже придет решение по продлению разрешения на основании учебных курсов, то Вам нужно будет обратиться в Миграционную службу.