Здравствуйте, Екатерина!
Если основное пребывание будет в Испании, а через Францию вы будете просто въезжать в Шенгенскую зону, то оформлять следует визу Испании. Но, при подаче документов на визу в Визовый центр, в анкете нужно указать что страной первого въезда будет Франция и приложить авиабилеты, объясняющие стыковку.